嵌入式硬盤錄像機目前在市場中的品種比較多，和PC工業計算機平臺的DVR比較起來看，它屬于低端商業等級的產品，主要是面對低端用戶而設計的，其缺點有幾下方面：
1、硬盤損壞時，沒有預警。硬盤錄像機在使用時，軟件和操作系統是安裝在FALSH里面的，程序不容易死機，但是，當硬盤損壞時，系統程序仍然在運行，事實上錄象數據已經寫不進硬盤中了，造成無法及時地更換硬盤。
2、主機發生故障時，唯一的解決辦法就是“發回廠家維修”嵌入式硬盤錄像機，由于其工作方式的原因，發生故障時，現場人員無法解決，必須要把機器發回到廠家，進行內部電路板上的維修。由于嵌入式硬盤錄像機所有的硬件都集成在一起，主板、報警、485模塊、網絡等等只要有一個模塊發生故障，就必須要發回廠家維修或者直接更換新的機器。
3、顯示質量受顯示芯片的限制，顯示效果不理想、延時比較大。和IPC工業計算機平臺的DVR比較起來看，在顯示效果上和延時問題上，嵌入式的和IPC式的產品，有質的差別，WINDOWS2000操作系統對2D圖象的支持能力是非常強大的，同時獨立的64MB顯示卡，專門用于處理視頻圖像，因此在顯示質量和視頻延時上不存在問題。
4、嵌入式硬盤錄像機工作日志無法做完整嵌入式硬盤錄像機的軟件是保存在FLASH里面的，受空間容量的影響，其系統的工作日志無法實現完整的設計，同時還會造成日志保存的時間比較短的后果。
5、回放和網傳效果差，由于受到顯示芯片的限制，回放的效果極不理想。在進行局域網和外網訪問的時候，效果更是讓人不能接受。
6、嵌入式硬盤錄像機可擴展性差嵌入式硬盤錄像機其視頻處理部分均集成在一塊板子上，如果需要擴展1路上去，唯一的辦法就是換機器。所以，起擴展性能比較差。
7、軟件升級困難嵌入式硬盤錄像機軟件是燒錄在FLASH里面的，必須要通過客戶端機器使用串口和網絡的方式用專門的軟件遠程升級，需要廠家或者專業人員來完成這個工作。
8、操作系統版權問題嵌入式硬盤錄像機，有相當一部分廠商使用VxWorks等操作系統來做嵌入式硬盤錄像機，VxWorks等操作系統的版權非常昂貴，因此多數廠商使用盜板的VxWorks，這對用戶會帶來不少的麻煩。
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